O território do munícipio de Entre Rios teve como primeiros habitantes os indígenas tapuias. Por volta do século XVI, ocorreu a primeira exploração das terras, por Bandeirantes, depois de um sistema português, o Sesmaria, autorizar a Casa da Torre de Garcia DÁvila.
A ocupação da região do litoral norte da Bahia, no geral, começou com a chegada de Garcia DÁvila no período que corresponde a metade do século XVI (acima citado), que recebeu de Tomé de Souza uma porção de terra entre os campos que correspondia hoje aos munícipios de Mata de São João e de Jandaíra — foi onde deu início a ocupação e conquista dos povos portugueses da terra, subjugando os povos indígenas (tupis, tupinambás, massarandupiós, etc.), que ali já residiam, ao trabalho escravo
Foi durante este tempo que Garcia DÁvila construiu a Casa da Torre, local onde ficavam os seus descendentes, escravos, empregados e outras pessoas associadas e ele.
