O território, primitivamente habitado pelos índios botocudos, integrava a Capitania de Porto Seguro, no início do século XVIII.
No início do século XVIII, colonos portugueses começaram o povoamento de São Pedro do Rio Grande nas proximidades do rio Grande, atual Rio Jequitinhonha. Os índios Botocudos foram catequizados pelos jesuítas que aí fundaram a capela de Nossa Senhora de Madre de Deus. A pequena capela foi a primeira construção do local. Durante muito tempo a cidade foi importante porta de entrada para Minas Gerais, através do rio Jequitinhonha, única via navegável até Salto da Divisa.
Situado numa planície entre o rio Jequitinhonha e o oceano Atlântico, esse município floresceu nos bons tempos do cultivo do cacau, no final do século XIX. Em 1891, passou à categoria de cidade, inicialmente com o nome Belmonte do Jequitinhonha. Historiadores supõem que o nome Belmonte foi sugerido pelo ouvidor de Porto Seguro, em homenagem à cidade homônima portuguesa, onde nasceu Pedro Álvares Cabral.
A suposição histórica leva a crer que os primeiros “sinais de terra” (ervas flutuantes, troncos de árvores e raízes) avistados pela esquadra de Cabral, tenham partido do rio Jequitinhonha, que em 1500 deveria ser mais caudaloso, arrastando espécies da Mata Atlântica que ficavam boiando ao sabor das correntes marinhas. Na foz do Jequitinhonha, ainda existem manguezais com a vegetação típica local, que inclui caules retorcidos, com o emaranhado de seus galhos rugosos e raízes entrelaçadas à mostra, além de uma fauna riquíssima.
