O território do município, antes integrado ao município de Andaraí, constituía-se em uma sesmaria de propriedade privada. Logo após, formou-se Bandeira de Melo, o primeiro povoado na região de Itaetê, que se ligava à cidade de Cachoeira através de uma estrada de ferro.
Em 1921 após a venda da propriedade para um grupo belga, a linha de ferro se prolongou até a formação de um novo núcleo com o nome de "Tamanduá", mais tarde mudara seu nome para Itaetê, cuja etimologia provém do tupi, com o significado de "pedra duríssima".
Com o fluxo dos tropeiros entre as lavras da Chapada Diamantina e o sertão, o povoado foi se expandindo ao ponto de se cogitar uma desmembração ao município de Andaraí. Em 1961, a separação do núcleo a Andaraí foi efetivada e assinada pelo então governador Juracy Magalhães, e em 7 de abril de 1963 a primeira câmara de vereadores de Itaetê foi criada e a instalação do município foi oficializada.
O município até a década de 1990 apresentava um crescimento contínuo. Atualmente em termos de crescimento populacional há uma estagnação, tanto na população rural quanto da urbana.
